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Los sucesos independentistas se habían llevado a cabo rápidamente en la ciudad capital, a partir de las cinco de la tarde del 3 de noviembre de 1903.

El Consejo Municipal de Panamá se reúne y designan una Junta de Gobierno Provisional, que es dirigida por José Agustín Arango, con Federico Boyd y Tomás Arias como miembros.

Al día siguiente, el pueblo en Cabildo Abierto, reafirmó sus votos separatistas, donde fue leída, aprobada y firmada, el Acta de Independencia.

La situación en la ciudad atlántica de Colón, sin embargo, no había transitado por aguas tranquilas y se presentaron momentos donde estuvo muy cerca, una confrontación armada entre las tropas colombianas del Batallón Tiradores y unos 200 marinos, que habían desembarcados del barco de guerra Nashville, recién llegado a aguas panameñas, el día anterior.

Los generales Tocar y Amaya, que fueron trasladados sin el resto de la tropa a Panamá, mediante el plan de no ofrecérseles transporte en el ferrocarril, fueron hechos prisioneros y de allí prosiguió la revolución.

El coronel Torres se encontraba entonces en Colón, al mando de los 500 soldados del Batallón Tiradores y era aparentemente, una responsabilidad mucho más grande que su capacidad como dirigente.

Hubo dos momentos de mucha tensión, en los cuales solo faltó una chispa muy pequeña, para hacer estallar los sentimientos nacionalistas del citado coronel y desatarse una batalla campal, pudiendo resultar en un "mar de cadáveres".

Ante la clara y evidente inferioridad en que se encontraba el Batallón Tiradores, tanto en número como en equipo bélico, y que se hacía mayor en cada momento, con el arribo de los buques de guerra, Dixie, Atlanta, Maine, Mayflower y Prairie, no le quedó otro camino al militar colombiano, que pactar su retirada y embarcar a su tropa en el vapor Orinoco, hacia Cartagena, donde también jugó un papel de importancia, la actitud persuasiva de Porfirio Meléndez.

Después de ver consumada la acción anterior, le envió un telegrama a don José Agustín Arango, donde le indica que "Solo ahora es cuando el Istmo de Panamá, puede declarar que ha asegurado definitivamente su independencia".

Al recibo de tan gratas noticias, el mismo Arango, dirigió un mensaje a James R. Shaler y a Herbert Prescot, superintendente y segundo Jefe del Ferrocarril de Panamá, respectivamente, y al Capitán J.R. Beers, igualmente asociado a la empresa ferroviaria, agradeciendo el invaluable apoyo que le habían prestado, en todo momento, a la causa panameña.

El gabinete escogido fue:

• Secretario de Relaciones Exteriores: Fco. V. de la Espriella
• Secretario de Guerra y Marina: Nicanor A. de Obarrio

El 6 de noviembre , la nueva República fue reconocida por los Estados Unidos de América y por otros países de Europa y de este continente.

William Buchanan presentó las cartas credenciales como Embajador de la nación norteña, el 23 de diciembre de 1903. El francés Henry Moett, se convirtió en el segundo diplomático, al ser acreditado como Encargado de Negocios, el 4 de enero de 1904.

El pueblo panameño escogió por medio de votaciones a una Asamblea Constituyente, que luego de aprobar la Carta Magna, procedió al nombramiento del Dr. Manuel Amador Guerrero, como el primer presidente de Panamá, para el período 1904-1908, tomando posesión de su alta investidura el 20 de febrero de 1904.

Cumplidos con ambos actos, este cuerpo legislativo, se convirtió en Asamblea Nacional, para los efectos de confeccionar las leyes del nuevo estado.

Con el presidente Amador ya debidamente instalado, vinieron en los meses subsiguientes, más reconocimientos para la nueva república, siendo Costa Rica el segundo país en acreditar un Embajador en julio de 1904.

Colombia, como era de suponer, no vino a aceptar los hechos cumplidos y a intercambiar embajadores, hasta el 6 de mayo de 1924, poco más de 21 años después del movimiento separatista.

El 7 de noviembre de 1903, la Junta de Gobierno, designó a Phillipe Bunau Varilla, como Embajador Extraordinario y Ministro Plenipotenciario de Panamá ante los Estados Unidos, después de haber efectuado toda clase de presiones y amenazas para obtener dicho nombramiento.

Varilla, con una rapidez increíble, elaboró y firmó el 18 de noviembre de 1903,con el Secretario de Estado John Hay, el infame tratado del canal, conocido como Hay-Bunau Varilla, apenas unas seis horas antes del arribo de una comisión de panameños, formada por Amador Guerrero, Federico Boyd y Carlos Arosemena, que venía a asesorarlo.

Los comisionados, al enterarse por el mismo Bunau Varilla, de los hechos ocurridos, manifestaron una incontenible ira y rechazo por la actitud llevada a cabo y la traición efectuada, ya que los términos del tratado, eran totalmente favorables a los Estados Unidos.

Varilla continuó con sus presiones a la Junta, buscando una rápida aprobación para el Tratado, y en esta línea le dirigió un cable el 21 de noviembre, al Secretario de Relaciones Exteriores de Panamá, don Francisco V. de la Espriella y donde manifestaba" Yo no deseo ser responsable por las calamidades que se ciernan sobre Panamá, siendo la más probable, la suspensión de la garantía de la independencia por parte de los Estados Unidos si no se ratifica el Tratado"

La Asamblea Nacional de Panamá, aprobó el tratado el 2 de diciembre de 1903. El Senado norteamericano, hizo lo propio el 23 de febrero de 1904.

El primer acto de sumisión militar al mando civil, se llevó a cabo el 22 de noviembre, cuando en la plaza de las Bóvedas, el general Esteban Huertas y todos los oficiales y tropa del Ejército Nacional, saludan y presentan sus respetos a la Junta de Gobierno Provisional.

La República de Panamá inició su vida independiente sin ninguna deuda, por el contrario, tenía por delante los $10.000.000.00 que debían entregar los Estados Unidos, dentro de lo estipulado y que sirvieron para programas de educación, salud, diversas obras públicas y afrontar los próximos pagos de la planilla estatal.

Se designaron 6 millones como reserva que fueron depositados en los bancos del país norteño, inversiones que se llegaron a llamar "los millones de la posteridad" y que buenos dividendos rindieron a la nación.

En lo judicial se procedió al nombramiento de jueces y fiscales en las principales ciudades, para la debida administración de la justicia.

Los eventos en la joven república se iban desarrollando con mucha rapidez, algunas veces sin llegar a obtenerse un debido control sobre los mismos.

Aunque la acción del presidente Roosevelt recibió fuertes críticas en su país, por la manera arbitraria como resolvía los asuntos y en particular su trato, poco diplomático, con Colombia, también tuvo muchos elogios, por los resultados positivos que fueron obtenidos.

Por motivo de interpretaciones unilaterales de la letra y espíritu del Tratado Hay-Bunau Varilla, por parte de los Estados Unidos, desde sus primeros momentos, los conflictos entre los dos

países, no tardaron en aparecer, y las protestas panameñas por medio de los canales diplomáticos, fueron tan fuertes, que el Secretario de Guerra William Taft, fue enviado al Istmo para limar asperezas.

Con esta visita, se obtuvieron ventajas en las tarifas postales e impuestos aduaneros. Taft fue muy enfático en declarar que su país solo tenía la idea de construir un canal y ningún deseo imperialista de establecer una colonia en la Zona del Canal.